Masanobu NAKAYAMA
物理定数・単位・公式
エネルギー
・ 1 Ry = 13.6058 eV
・ 1 eV = 96.4853 kJ/mol = 1.60217646 e-19 J = 8065.73 cm-1
・ 1 cal = 4.184 J
・ 1 cm-1 = 1.23981E-4 eV
長さ
・ 1 au(bohr) = 0.529177 A
超越数
・ e = 2.71828183
・ pi = 3.14159265
物理定数
・ k = 1.380658e-23 J/K = 86.1735e-6 eV/K (Boltzmann const.)
・ N = 6.0221367e23 /mol (Avogadro const.)
・ R = 8.31451 J/mol.K (Gas const.)
・ e = 1.60217733e-19 C (electric charge element)
・ eps0 = 8.854187817e-12 F/m (dielectric const. in vacuum)
・ F = 96485.309 C/mol (Faraday const.)
・ c =2.99792458e8 m/s (speed of light)
X線波長
・ CuKa1 = 1.54056 A
・ CuKa(average) = 1.54184 A
・ CuKb = 1.392 A
・ エネルギー換算式：E (KeV) = 12.40 / λ (Å)
・ 面間隔とdeg.CuKaの変換公式: d = 1.54056/(2*sin(Angle/2*3.1415/180))
誘電率 と インピーダンスの関係
・ Y* = 1/Z* = iwC0 e*, C0=e0S/l
・ e' = 1/wC0 x Z''/(Z'^2+Z''^2); e'' = Z'/wC0 x 1/(Z'^2+Z''^2)
アレニウスプロット、傾き→エネルギー (log ? vs. 1000/Tのとき）
・ E (eV) = 2.303 x 1.381e-23 x 1000 x 傾き / 1.602e-19
結晶学
●分率座標系→カーテシアン座標系への変換
格子ベクトル （vasp形式の行列式）
分率座標 (x, y, z)
新たなカーテシアン座標 (x', y', z')
x' = h1 * x + h2 * y + h3 * z
y' = k1 * x + k2 * y + k3 * z
z' = l1 * x + l2 * y + l3 * z
● 単位胞変換の仕方
※自分の使っている単位格子に２つ以上の格子点を含み、もっと小さな単位胞に変換したい場合
(a1, b1, c1)は変換前の格子ベクトル。(a2, b2, c2)は変換後の格子ベクトル。T12は変換行列 T12の逆行列が逆変換に相当する。
● 斜方晶系の空間群について
a, b, c, x, y, zの対応表
| No | a b c | c a b | b c a | a (-c) b | b a (-c) | (-c) b a |
| 52 | Pnna | Pbnn | Pncn | Pnan | Pnnb | Pcnn |
| 53 | Pmna | Pbmn | Pncm | Pmam | Pmmb | Pcnm |
| 54 | Pcca | baa | Pbcb | Pbab | Pbam | Pmcb |
| 63 | Cmcm | Amma | Bbmm | Bmmb | Ccmm | Amam |
| 64 | Cmca | Abma | Bbcm | Bmab | Ccmb | Acam |
| 65 | Cmmm | Ammm | Bmmm | Bmmm | Cmmm | Ammm |
| 70 | Fddd | Fddd | Fddd | Fddd | Fddd | Fddd |
| 71 | Immm | Immm | Immm | Immm | Immm | Immm |
| 72 | Ibam | Imcb | Icma | Icma | Ibam | Imcb |
| 73 | Ibca | Ibca | Ibca | Icab | Icab | Icab |
| 74 | Imma | Ibmm | Imcm | Imam | Immb | Icmm |
● 三方晶・六方晶の格子定数変換について
三方晶 格子定数 a(R), alpha
六方晶 格子定数 a(H), c(H) のとき
(1) 3a(H)^2 + c(H)^2 = 9a(R)^2
(2) a(H)2=2a(R)^2*(1-cos(alpha))
が成立する
●リンク
Shannonのイオン半径表
X線吸収エネルギーのテーブル(M-edgeのデータ）
X線吸収スペクトル測定準備のためのページ
International Tablesのweb版？
代表的な結晶構造リスト
Linux
Linuxなど、圧縮ファイルの解凍
| 拡張子 | 内容 | コマンド |
| tar | 圧縮 | tar cvf *.tar ./* |
| 解凍 | tar xvf *.tar | |
| gz | 圧縮 | gzip gzip *.tar |
| 解凍 | gunzip *.tar.gz | |
| Z | 圧縮 | compress -vf ./* |
| 解凍 |
compress -d *.Z uncompress *.Z zcat a.Z > ./* |
|
| tar.gz | 圧縮 | grtar cvzf *tar.gz ./* |
| 解凍 | gtar xvzf *.tar.gz |
コマンド
便利なサイト＞http://www.linux.or.jp/JM/INDEX/index.html
便利なサイト＞ http://www.linux.or.jp/
| command | MS-DOSに対応するコマンド | 内容/その他 |
| cd | cd | ログイン時は /home/****/ |
| pwd | 自分のいるディレクトリー | |
| cp | copy | ファイルコピー |
| mv | ファイル移動 | |
| mv | ren | ファイル名の変更 |
| rm | del | ファイル削除 |
| rm -r -f | サブディレクトリーごとすべて削除（危険） | |
| mkdir | mkdir | ディレクトリー作成 |
| rmdir | ディレクトリー削除 | |
| cat | type | ファイル内容を知る |
| more, less | type ** |more | |
| head -n** | ファイル先頭の**行を表示 （-nなしで普通20行） | |
| tail -n** | ファイル後ろの**行を表示 （-nなしで普通20行） | |
| exit/ logout | ログアウト | |
| Ctrl + z | Stopキーと同じ(PC98) | 強制終了 |
| chmod +x | バッチファイルを実行ファイルにする | |
| top | 動いているjobとPIDの確認 | |
| nohup | logout後でもプログラムを動かしたいとき。 | |
|
finger またはwho |
ログインしている人のリスト | |
| ps | 自分のJOBのPID確認 | |
| uptime | CPUがどれだけ働いているか | |
| du -s ./* | ディスク容量 | |
| find ~~~ -name *** | ~~~ディレクトリー以下から、指定のファイル***を探す | |
| man [command] | *** /? の強力版 | commandのhelp |
| kill [PID] | JOB[PID]を強制停止する | |
| ls (ls -al) | dir/w | -al オプションはファイルの詳細も見れる |
| qsub / csub *** |
queに***ファイルの仕事を送る ***ファイルは多分実行形式にする。 並列計算用 |
|
| qdel / cdel [job#] | queの仕事をけす | |
| grep XX (filename) | ファイル(filename)中で、XXという文字列が含まれる行をすべてcatする | |
| su [username] |
同じマシン上で、別ユーザーに変更する時に使う。 無指定でルート。ただし、ルートになる場合は su - で接続するほうがいい。 |
|
| ifconfig | ルートからのコマンド。ipアドレスなど調べるため。 |
改行コード問題(UNIX=>WIN)
・アスキーファイルなら、全部選択してコピー、新規作成した空のファイルに貼り付ける。
改行コード問題（Perlを使う) see: http://www.rsch.tuis.ac.jp/~mizutani/online/with-pc/textline.html
|
UNIX => Windows % perl -pe 's/\n/\r\n/' unixfile > winfile |
UNIX => Macintosh % perl -pe 's/\n/\r/' unixfile > macfile |
|
Win => UNIX % perl -pe 's/\r\n/\n/' winfile > unixfile |
Windows => Macintosh % perl -pe 's/\r\n/\r/' winfile > macfile |
|
Macintosh => UNIX % perl -pe 's/\r/\n/g' macfile > unixfile |
Macintosh => Windows % perl -pe 's/\r/\r\n/g' macfile > winfile |
改行コード問題（DOS=>UNIX)
・dos2unix (filename)
改行コード
・LF (UNIX), LF+CR (Win), CR (Mac)
大文字小文字
・ファイル名の大文字小文字は区別する。webのファイル名もそう。
ユーザー設定
・MS-DOSではautoexec.batにあたるもの。 ls -al で発見されるおそらく ".bash-profile"なるファイルがそれにあたる。PATH=を書き換えて必要なファイルにアクセスできるようにしておく
代表的なFortranコンパイラ
f77/ g77 (Fortran77) これがダメなら
fort (Fortran90) さらにダメなら
IFC (Interl）のフォートラン 更に他のフォートランは知らない。
代表的なCコンパイラ
gcc
cc
g++
emacs
起動 emacs -nw filename (-nw オプションは ウィンドウを立ち上げないことを強制する）
| ^x^c | emacs の終了 |
| ^x^s | データのセーブ |
| ^x u | アンドゥ |
| ^x 2 | 画面を横2分割 |
| ^x o | 分割窓間を移動する |
| ^a | 行頭に移動 |
| ^e | 行末に移動 |
| ^k | 行末まで削除(改行コードは消さない） |
| ^a^k^k | １行削除 |
| ^v | スクロールダウン |
| ESC v | スクロールアップ |
| ESC < | 文頭ジャンプ |
| ESC > | 文末ジャンプ |
カット＆ペースト
| ^SPC | カット開始位置指定 |
| ^w | カット実行 |
| ESC w | コピー実行 |
| ^y | ペースト |
検索と置換
| ^s | 順方向サーチ |
| ^r | 逆方向サーチ |
| ESC w | コピー実行 |
| ^y |
ペースト |
visual basic
|
MSDN: Visual Basic と Visual C 1. VB PictureBoxにファイルをドロップしたとき、ファイル名を変数 "LFile"に入力するとき。 //////////////////////////////////////////////////////////////////// Private Sub Picture1_OLEDragDrop(Data As DataObject, Effect As Long, Button As Integer, Shift As Integer, X As Single, Y As Single) If Data.GetFormat(vbCFFiles) Then For Each f In Data.Files LFile = f Next End If inpfile oupfile End Sub ///////////////////////////////////////////////////////////////////// ※このときPictureBoxは"Picture1", Propertyは OLEDragMode="0", OLEDropMode="1" 2. VB exeファイル起動時に引数を変数"x"に代入する方法 x = Command() 3. VB アークサインとアークコサインを作る方法 Function ASin(X As Double) As Double Asin = Atn(X / Sqr(-X * X + 1#)) End Function Function Acos(X As Double) As Double Acos = -Atn(X / Sqr(-X * X + 1#)) + (3.1415926535897932384626433# / 2#) End Function 4. Format文 例） Format$(Variable, "0.0000e-") @ 文字変数 e- 指数表記(E+, E-, e+, e- どれでもいい) 5. 四捨五入 INT(**** + 0.5) |
その他ソフト
Primaの使い方（初期設定）-------------------------------------------------
・環境変数のセットを忘れない。「設定（コントロールパネル）→システム→環境変数」
SET PRIMA=C:\.....\VENUS\PRIMA\Program\
・prfファイルのアイコンをPrima.exeの上にドラッグ＆ドロップ
MS-IMEの言語バーをロストしたときの対応------------------------------------
・設定（コントロールパネル）→地域と言語のオプション→言語タグ→詳細ボタン→設定タグ→基本設定（言語バーボタン）
MXDORTOのポテンシャルパラメータの単位 （ソースに書いてある）---------------
a, b [A], c [(kcal mol-1)0.5 A-3]
D [kJ/mol], beta [A-1], r* [A]
Mathmaticaメモ----------------------------------------------------------
1. 行列計算
0 1 2
3 4 5
6 7 8
A={{0,1,2},{3,4,5},{6,7,8}}
A.B ピリオドで積（＊アスタリスクではない）
2. 逆行列計算
Inverse[A]